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核酸提取(磁珠法)常見(jiàn)的六大問(wèn)題

 更新時(shí)間:2024-04-08 點(diǎn)擊量:1831

核酸提取的方法很多,如煮沸裂解法、酚氯仿抽法、濃鹽法、陰離子去污劑法、異硫氰酸胍/苯酚法(Trizol法)、CTAB法原理(植物DNA提取經(jīng)典方法)、離心柱純化、磁珠法提取等,今天我們來(lái)看看核酸提取(磁珠法)常見(jiàn)的六大問(wèn)題,從而更好的了解磁珠法提取核酸。

Q:是不是誤區(qū)越多,提取效果越好?

A:不是,磁珠的主要特點(diǎn)是既可以分散于液體中,也可以在外加磁場(chǎng)作用下以固態(tài)方式和液相分離,ren何試劑體系,磁珠和液體的比例都應(yīng)該是有一定閾值的,超過(guò)一定的比例,過(guò)多的磁珠將因?yàn)闊o(wú)法均勻分散于液體中,而喪失其分散的特性,也使得洗滌過(guò)程中無(wú)法充分增加核酸磁珠和液體接觸的效率。而過(guò)量的磁珠也會(huì)吸附更多的雜質(zhì),對(duì)于除雜的效果影響非常大。甚至有些時(shí)候,過(guò)多的磁珠會(huì)吸附蛋白酶、溶菌酶等在液體體系中起主要作用的功能成分,導(dǎo)致整個(gè)試劑盒效率低下。有很多時(shí)候,在提取效果不佳的時(shí)候,減少磁珠使用量,反而是提升提取效果的最you途徑。
通常情況下,磁珠法試劑盒給出的參考磁珠用量都是略微過(guò)量的,因此需要增加磁珠用量改善吸附效率的情況并不多,但如果確定是磁珠用量不足導(dǎo)致的提取效果不好,是可以在一定范圍內(nèi)通過(guò)增加磁珠用量來(lái)改善提取效果的。

Q:試劑使用的越多,是不是提取效果就會(huì)越好?

A裂解效果不好?多加點(diǎn)裂解液。洗滌效果不好?多加點(diǎn)洗滌液。這是很多客戶在使用試劑盒中的慣性思維。
但是對(duì)于磁珠法而言,每增加一部分液體體積,就減少了更多的磁珠碰撞幾率,而降低磁珠碰撞幾率,會(huì)導(dǎo)致吸附率的大幅度下降。所以很多時(shí)候,雖然增加裂解液和洗滌液確實(shí)能夠起到增強(qiáng)裂解和增強(qiáng)洗滌的作用,但磁珠法提取的核心是磁珠吸附核酸的效率,無(wú)法保證磁珠碰撞效率是不能保證核酸提取效率的,所以單純?cè)黾釉噭┦褂昧扛纳铺崛⌒Ч⒉灰欢╳an全有效。

Q:是不是洗滌次數(shù)越多,提取的效果就會(huì)越好?

A提取得到的核酸雜質(zhì)過(guò)多時(shí),使用者會(huì)考慮多進(jìn)行幾次洗滌,以得到更為純凈的核酸。增加洗滌次數(shù)確實(shí)有利于提純核酸,但考慮到每次洗滌都會(huì)損失一定量的核酸,且增加了核酸斷裂水解的可能性,所以一般來(lái)說(shuō)洗滌次數(shù)控制在2~4次為宜

Q:取用的樣本越多,提取的效果就會(huì)越好?

A在樣本不夠新鮮或者核酸含量本身就很少的情況下,往往核酸提取效果不好,很多老師就會(huì)采用多取樣本的方式增加核酸提取量。
但簡(jiǎn)單地增加樣本取樣量,有時(shí)會(huì)引入過(guò)多的雜質(zhì),超出裂解液裂解能力,也會(huì)使提取效率降低,所以并不推薦通過(guò)簡(jiǎn)單的增加樣本取樣量的方式來(lái)達(dá)到增加提取量的目的。如果確實(shí)是由于樣本量不足而引起的提取量過(guò)低,建議在前處理先經(jīng)過(guò)富集或者濃縮步驟再開(kāi)始提取?;蛘咴黾恿呀獾膚an全性,使更多的核酸暴露出來(lái)也是一種解決方法。

Q:某一種磁珠使用效果好,是不是其他實(shí)驗(yàn)也可用?

A磁珠的種類是多種多樣的,粒徑大小不同,分散性不同,磁響應(yīng)時(shí)間不同,包被基礎(chǔ)基質(zhì)不同,外層修飾官能團(tuán)不同,包被密度不同,官能團(tuán)臂長(zhǎng)不同,會(huì)導(dǎo)致磁珠特性千差萬(wàn)別。所以不同磁珠所適應(yīng)的實(shí)驗(yàn)和體系也是不同的。就像同樣是核酸提取的試劑,配方也并不wan全相同,同樣應(yīng)用于核酸提取的磁珠,性質(zhì)也并非wan全一致。有的磁珠在常量核酸提取中表現(xiàn)出了更高的吸附效率,有的磁珠更適用于微量核酸提取。有的磁珠適合偏酸性系列的試劑體系,有的磁珠適合偏堿性系列的試劑體系。有的磁珠磁響應(yīng)性好但是沉降速度快,更適合磁棒式自動(dòng)提取儀;有的磁珠沉降速度慢但是磁響應(yīng)時(shí)間長(zhǎng),更適合移液式自動(dòng)提取儀。很少有一種磁珠能適用于所有實(shí)驗(yàn)的情況,除了固定的試劑盒配合,多數(shù)情況下,磁珠和試劑體系都要做一定時(shí)間的配合調(diào)整。

Q:和某種試劑盒對(duì)比,磁珠的使用效果不佳,是磁珠的問(wèn)題嗎?

A很多客戶在篩選磁珠過(guò)程中都是在已經(jīng)成熟試劑體系下,簡(jiǎn)單地等量替換磁珠,用于比較磁珠效果。這樣就會(huì)很容易得出某種磁珠效果不好的結(jié)論,但實(shí)際上,由于不同磁珠適合的體系和用量是不同的,往往需要調(diào)整過(guò)后才能獲得更好的提取效果。

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